Una inadecauda utilización de materiales durante el tratamiento endodóntico, como los conos de gutapercha, pueden aumentar el potencial de contaminación; siendo necesario realizar estudios sobre agentes químicos de descontaminación de conos. El objetivo fue evaluar el grado de contaminación de los cono s de gutapercha en cajas selladas de casas comerciales de la Clínica de Postgrado de la Universidad Central, antes de realizar la obturación y evaluar el efecto antimicrobiano del hipoclorito de sodio al 2,5% y de la clorhexidina al 2%. El estudio fue de tipo experimental in vitro, realizado en el laboratorio de Microbiología de la "Nueva Clínica Internacional". Las muestras fueron divididas en dos grupos: Grupo A (grupo control) y el grupo B (Clínica de Posgrado). Se colocaron en el medio de crecimiento: cerebro - corazón. El desarrollo microbiano se observó a los 2, 4, 8 y 10 días, en caso de encontrarse positivos, se realizó el pase a los agares respectivos para su identificación, a los 10 días se realizó el pase en los agares sólidos a todas la otras muestras que salieron negativas. Los conos contaminados del grupo A se los colocó el hipoclorito y los del grupo B en clorhexidina. Los resultados obtenidos muestran que los conos de grutapercha de empques sellados no son estériles y es necesario la utilización de soluciones desinfectantes, como: gluconato de clorhexidina al 2% y el hipoclorito de sodio al 2,5%, por un período de 5 minutos.