Los principios activos con actividad antimicrobiana, es decir, los antibiótivos, ejercen una toxicidad selectiva sobre las baceterias interfiriendo en estructuras de las que carecen las células de los animales homeoternops o aprovechando las diferencias existentes entre los microorganismos y los macrorganismosen la biosíntesis proteica, la síntesis del ácido fólicoo en la replicación del material genético. La penicilina V ha dejado de ser el antibiótico de eleccón para dar paso a la aminopenicilina, en general en combinación con un inhibidor de la ß-lactamasa, debido a que muchos de los gérmenes patógenos implicados en las infecciones dentales se han vuelto resistentes a la penicilina se puede administrar clindamicina o un antibiótico macrólido como alternativa. Todo tratamiento antibiótico lleva asociado el riesgo de alterar la flora intestinal o la flora vaginal. Casi todas las intervenciones odontológicas se acompañan de una bacteriemia transitoria. Por este motivo se debe administrar una profilaxis antiinfecciosa a todos los pacientes con inmunodepresión, ya sea patológica, ya sea secundaria a una supresión farmacológica del sistema inmunitario.