La fundación Vida Silvestre, aseguró que desde la construcción de Yacyretá, los Esteros del Iberá, se han inundado por un trasvasamiento de agua, desde el embalse hacia la laguna. A partir de los años 1989-90, los lugareños observaron que las aguas del Iberá crecían y tapaban sus campos. Los Esteros forman el humedal más grande de Argentina. Desde la construcción de la represa, el nivel de agua ha aumentado, todo indica que se trata de un trasvasamiento subterráneo de agua hacia el Iberá desde Yacyretá. El Instituto Correntino del Agua (ICA) confirmó el aumento del nivel. Los expertos de la Entidad Binacional aseguran que no existen condiciones físicas que hagan plausible la conjetura de traspasamiento. Según los investigadores de la EBY, el incremento de nivel en la laguna se explica por el aumento de las precipitaciones y la tasa de evapotranspiración.