Con el propósito de organizar y evaluar las contribuciones de la genética de poblaciones humanas en América Central, hemos casificado, resumido, y comparado la literatura más relevante que se ha publicado sobre este tema desde inicios del siglo XX. El desarrollo de la genética de poblaciones en América Central deviene como la continuación de los estudios de variación morfológica y bioquímica que se desarrollaron entre las décadas de 1920 y 1990 sobre poblaciones indígenas locales. Entre las décadas de 1970 y 1990 los nuevos descubrimientos en los estudios serológicos dieron paso a la investigación microevolutiva entre poblaciones indígenas y afroacaribeñas. Las investigaciones en genética molecular que se iniciaron en la década de 1990 en América Central fueron la antesala para plantear en el siglo XXI nuevas preguntas sobre aspectos evolutivos. Durante este último período, se han utilizado una amplia variedad de marcadores informativos que han permitido revelar las historias demográficas de poblaciones nacionales e indígenas. No obstante, a pesar del rápido aumento de publicaciones en los últimos 15 años en América Central es notable la diferencia en la cantidad y la calidad de las investigaciones en esta área geográfica. Costa Rica, Nicaragua y Panamá son los países que cuentan con mas investigaciones en comparación con Guatemala, Honduras, Bélice y El Salvador. Se espera que futuras investigaciones corrijan esta disparidad.