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Estudos citogenéticos em Apareiodon affinis do Alto Paraná demonstraram números diplóides diferentes entre os sexos (2n=54 para machos e 2n=55 para fêmeas) com cromossomos do tipo Metacêntrico, Submetacéntrico e Subtelocêntrico. Essa espécie apresenta heterogametia feminina, caracterizada como um sistema de cromossomos sexuais múltiplos, do tipo ZZ/XW1W2. Análises preliminares, em exemplares de A. affinis, coletados no Baixo Paraná (município de Corrientes, Argentina), mostraram que a maioria dos exemplares presentam 2n=54, indistintamente em machos e fêmeas, sendo o cariótipo constituído por 25 pares de cromossomos meta-submetacêntricos e 2 pares de cromossomos acrocêntricos. Entretanto nessa amostra foram também detectados 2 exemplares (machos) portadores de apenas 1 par de cromossomos acrocêntricos e um exemplar (fêmea) com um par heteromórfico, constituído por um cromossomo do tipo acroceçêntrico e o outro submetacêntrico. Estudos de bandeamento C e marcaçôes das regiôes organizadoras de nucléolos estâo sendo também efetuados. Esses resultados indicam que a populaçâo do Baixo Paraná difere cariotipicamente daquela do Alto Paraná, mostrando inclusive uma diversidade intrapopulacional. A origem dessa variaçâo poderia ser devida a um polimorfismo intrínseco dessa populaçâo ou a uma possivel zona de hibridizaçâo, o que está sendo investigado.